El documento usado es RGB de 600 * 400 px con fondo tranparente.

Empezamos por crear un degradado de azul (0066CC) a blanco (FFFFFF) inclinado un poco, como lo vemos en la imagen a la derecha.

Nombremos a esta capa Cielo.

Paso 2:

Creamos una Nueva Capa y la llamamos Base Nubes. Presionamos D para resetear los colores. Aplicamos Nubes:
Filter > Render > Clouds

Luego, de inmediato, aplicamos a esta misma capa Nubes de Diferiencia:
Filter > Render > Difference Clouds

Se aplica una o varias vecespresonando Ctrl + F, las en cada caso se ajuste a lo que necesitamos.