¿Ves cómo ya está mucho más limpio? En este punto puedes hacer un canal Alfa de la imágen o simplemente darle una capa propia y cambiar el modo de capa a "Multiplicar", y colorear en otra capa debajo suyo.

El modo Multiplicar hace que el blanco sea transparente. Dirígete a los tutoriales de Modos de Pintura y Capas y Canales para más detalles. Si tienes Adobe StreamLine , puedes seguir al siguiente paso.

StreamLine

Si voy a convertir mi ilustración a formato vectorial en StreamLine (cosa que recomiendo, si tienes el programa), la escaneo a 600dpi.

Limpia la imágen según los pasos anteriores e impórtala a StreamLine. Yo escojo las opciones predeterminadas para Dibujo a Tinta (Inked Drawing) y voy desplazando la permision de umbral ( La barra Thresold ) hasta que tengo una buena línea. Si es necesario, lleva el dibujo vectorizado a Adobe Illustrator para algunos ajustes finales; luego tráete el archivo EPS a Photoshop para colorearlo.