Para mejorar tu escaneado final asegúrate de que tu dibujo es tan limpio como te sea posible... mugre más, mugre menos. Aquí tengo un dibujo entintado que escaneé en escala de gris a 300ppp (reducido a 72dpi para la carga en web). La imágen es bastante clara pero un poco gris y algo del borron del lápiz aún es visible, debido a lo mal que he borrado.

Ajustar las líneas

El truco para convertir un escaneado gris en una buena línea de fondo es usando el cuadro de diálogo "Curvas"
( I magen --> A justar --> Cur v as).
Pulsa Ctrl+M o, en MacOS, Command+M . Pincha en la línea diagonal en dos sitios y arrastra hasta darle una forma de "S" como ves aquí.

Llevo la parte inferior hacia abajo para aumentar los negros y tiro de la parte superior hacia arriba para quitar los grises y las líneas dispersas. Activa la previsualización y vigila la imagen mientras lo haces para ajustar la curva de acuerdo con lo que veas.