Suponiendo que este es tu dibujo hecho prolijamente en lapiz. El lapiz confiere al contorno la apariencia que tiene la pintura de los backround de animacion. De este modo los colores empezaran a ganar sobre las lineas. Asi que se prolijo si ensucias, en tal caso limpialo en Photoshop. Una vez terminado duplica esta capa (fondo) quedandote solamente con la nueva (fondo copia) y ponla multiplicar. 

Paso 2 : Colores Normales

Genera una nueva capa y ponla a "multiplicar" . Al hacer esto las capas se entrecruzaran. No boy a explicar exactamente como logre cada uno de los elementos que hay en este cuarto, porque el tema es otro. Pero ten en cuenta lo siguiente.